Hyrule tombe en ruines, déstabilisée par les alliés de Ganon disparu qui recherchent Link, car son sang versé sur les cendres du corps de Ganon pemettraient sa résurrection. Celui-ci réorganise le royaume tant bien que mal. Un jour, les armoiries du royaume s'inscrivent au creux de la main de Link lors de son seizième anniversaire. Impa, la nourrice de Zelda, fut attirée par ce présage et l'emmena au Château Du Nord. Après avoir traversé un passage secret de sa connaissance, elle lui révéla la Légende de Zelda. Au début de l'histoire du royaume, le roi d'Hyrule assurait son pouvoir par la Triforce. À sa mort, le prince héritier ne reçut qu'une part de celle-ci, et échoua dans sa quête des deux autres parties. Un magicien lui révèla que la Princesse Zelda connaissait le lieu où reposait le reste de la Triforce. Celle-ci refusant de lui révéler le secret, le magicien lui asséna un sortilège qui l'enfonca dans un profond sommeil. Le prince, rempli de chagrin, emmena la princesse Zelda dans la salle où se trouvent Link et Impa, en espérant qu'elle puisse se réveiller un jour. Pour que personne n'oublie cette tragédie, il ordonna que toutes les filles qui naîtraient au château portent le nom de Zelda.
Impa donne alors à Link un parchemin et six cristaux, puis lui dit : « Depuis des générations, ma famille s'est transmis ces objets. Le parchemin est écrit dans une langue ancienne que personne ne sait lire aujourd'hui. Mais toi, porteur de la marque du royaume, tu en es capable. On dit que la clé pour réunir la Triforce est cachée là. »
Link regarda le parchemin et bien qu'il n'ait jamais vu les symboles qui étaient écrits auparavant, il put les lire. Voilà ce qui était écrit :
"Toi qui contrôleras la Triforce, je vais te révéler ses secrets: Il y a trois sortes de Triforces: Force, Sagesse et Courage. Quand elles sont réunies, la Triforce donne un maximum de puissance. J'ai laissé celles du Force et de la Sagesse dans le royaume, mais j'ai caché celle du Courage, pour que tout le monde ne puisse pas utiliser la Triforce. Cela demande un caractère fort, sans mauvaises pensées, mais également une qualité innée. Malheureusement, je n'ai pas pu trouver une telle personne de mon vivant. Alors, j'ai décidé de jeter un sort sur Hyrule: une marque apparaîtra sur un jeune garçon qui aura ces qualités. Si la Triforce était utilisée par une autre personne, beaucoup de malheurs se produiraient. La Triforce du Courage est cachée dans le Grand Palais, au creux de la Vallée de la Mort sur la plus grande île d'Hyrule. Cependant pour y entrer, tu dois vaincre les gardiens du sceau magique. Quand tu auras vaincu ces gardiens, qui protègent les six palais d'Hyrule, tu devras poser un des cristaux sur le front de la statue que tu trouveras. Quand tu auras mis les cristaux dans les statues des six palais , le sceau magique disparaîtra de la Vallée de la Mort et tu pourras entrer dans le Grand Palais. Et après avoir vaincu le dernier gardien, tu pourras obtenir la Triforce. N'aie crainte, tu es le seul qui puisse obtenir la Triforce, tu es le seul espoir d'Hyrule." Link part en quête, accompagné de son Épée De Légende et de son Bouclier magique. De leur côté, les comparses de Ganon commencent à travailler à la renaissance de leur maître...
